Na južnem delu Velikega jezera stoji benediktinski samostan s cerkvijo svete Marije na otoku Svete Marije. Površina otoka je 1,2 hektarja (0,5 hektarja). Samostan se je gradil od leta 1177 do 1198. Sprva so samostan pozneje zgradili benediktinci, kasneje pa cerkev. Cerkev je skozi stoletja spreminjala svoj videz pod vplivom različnih slogov, renesanse in baroka, osrednji del pa je ostal romanski. Cerkev sv. Marije kot del samostanske zgradbe je enobrodna romanska (apulijska) konstrukcija, zgrajena po prvotni benediktinski zgradbi v Monte Garganu. Cerkev je bila razdeljena in razširjena v 16. stoletju, ko je bil na verandi postavljen grb družine Gundulić. Večkrat so v romanskem samostanu naredili spremembe. Trenutno je stavba dvonadstropna renesančna stavba, ograjena z dvorišči na dveh straneh in z arkadnim glavnim traktom, obrnjenim proti dvoriščem. V jugovzhodnem kotu je bil postavljen obrambni stolp, zato so vse stavbe, vključno s cerkvijo, postale obrambne strukture. Samostan je bil obnovljen tudi v času renesanse, s čimer je nastal enoten kompleks s cerkvijo. Zgodovina samostana sega vse do leta 1198, ko je papež Nedolžni III izdal dokument, s katerim je cerkev svete Marije posvetil na istoimenskem otočku v Velikem jezeru na otoku Mljetu. Benediktinci so samostan organizirali v skladu s pravilom svetega Benedikta. Dolgo časa so benediktinci dobro skrbeli za otok in živeli v sožitju z naravo, ki je slavila Boga. Med benediktinci samostana je bilo mogoče najti številna pomembna imena, kot sta Mavro Vetranović in Ignjat Đurđević. Leta 1345 so se benediktinci odrekli svoji oblasti nad delom otoka, zato je Mljet dobil statut in občino v Babinskem polju. Formalno jo je leta 1410 aneksirala Republika Ragusa. Samostan je s svojo dejavnostjo nadaljeval do leta 1809, ko je bil med Napoleonovo vladavino zaprt. Od takrat naprej je imel otok več različnih lastnikov; samostansko posest je upravljala država, samostan pa je postajal vse bolj zanemarjen. Leta 1960 je bil samostan preurejen v hotel, odprt pa je bil do leta 1991. Leta 1998 je razpadli samostan vrnil dubrovniški škofiji. Trenutno potekajo prenova in sanacija.