Na ostankih stare cerkve svetega Janeza so postavili staro župnijsko cerkev iz 16. stoletja, zato so jo ljudje imenovali sv. Janez (San Giovanino). Med turškimi vpadi so leta 1649 božjo službo opravljale redovnice samostana sv. Arhanđela. Od leta 1902 jo je prevzel frančiškanski tretji red in s pomočjo vernikov in takratnih državnih oblasti obnovil in okrasil tri marmornate oltarje. Zdaj je na stranskem oltarju oltar s svetogrščino, na drugem oltarju kip Device. Bazilika je bila odkrita med obnovo cerkve. Prvotna stara cerkev sv. Janeza so zgradili v prezbiteriju bazilike. V zgodovini so jo trikrat podaljšali. Današnja oblika cerkve je prvotna srednjeveška, polkrožna apsida, rekonstruirana leta 1996.