Primarna naloga nacionalnega muzeja Zadar danes vključuje sistematično zbiranje, shranjevanje, prikaz, dokumentiranje, ter tehnično in znanstveno analizo premičnih in nepremičnih predmetov kulturne in naravne dediščine v obdobju od XIII. stoletja do današnjih dni. Področje zanimanja in raziskovanja je Zadarska županija, ali širše, Severna Dalmacija z otoki in neposrednem zaledju (Bukovica, Velebitska regija, Ravni Kotari). Muzej je pogosto soorganizator in gostitelj razne razstave drugih ustanov, izdaje monografska dela, kataloge, plakate, razglednice, itd. Je tudi organizator ali gostitelj strokovnih in znanstvenih konferencah, kulturnih prireditev, koncertov, predstavitvi knjig,...