Поморскиот музеј во Дубровник се наоѓа во тврдината Дубровник на Свети Јован. Основана е во 1941 година со организирање на изложба наречена поморски патишта и Дубровник низ вековите. Музејот е дел од Југословенската академија на науките и уметностите од 1949 година, а во 1987 година се спои со музејот Дубровник. Музејот е сместен во тврдината Свети Јован, која беше обновена по катастрофалниот земјотрес во 1979 година. Постојаната изложба на музејот е поставена во 1986 година и ја прикажува поморската историја на градот Дубровник и околината. На изложбата се претставени модели на бродови од 17-ти, 18-ти и 19-ти век, бројни знамиња, топови и друго оружје, наутички инструменти, дневници, папки, разни документи, како и вредна библиотека со многу ретки примероци книги и важен архивски материјал.