Zbirka obsega več kot 35.000 predmetov in vključuje arheološko zbirko iz obdobja Epidauruma, ki jo je leta 1898 sestavil B. Bogišić med svojim bivanjem v Cavtatu. Knjižnica, arhivi, tudi vsa muzejska zbirka posebej, so v strokovnih krogih dobro znani po številnih redkostih in edinstvenem vzoru; med njimi so še posebej pomembna dela, povezana s Hrvaško.B. Bogišićeva knjižnica obsega približno 15.000 knjig in brošur, približno 200 revij, nekaj časopisov, 66 inkunabulov, 164 rokopisov in 165 zemljevidov. Zbrano arhivsko gradivo je razdeljeno na 39 tematskih enot (predvsem pravne zgodovine, ljudskih običajev in literature, in Bogišićev osebni arhiv, ki obsega dokaj bogato dopisovanje, ki je štelo 10.092 enot in 1.481 dopisnikov). Med muzejskimi zbirkami so še posebej pomembne: zelo cenjena zbirka starih tiskov (8.185 listov iz 16. in 19. stoletja), ena od treh največjih tovrstnih zbirk na Hrvaškem; in zbirka denarja in medalj iz antičnega obdobja do konca 19. stoletja - majhna, a vsebinsko bogata (šteje 2.674 vzorcev). Obstaja izjemno zanimiva zbirka predmetov, ki imajo pravni in simbolni pomen (približno 150 predmetov), ki je edinstven na Hrvaškem. V preostalih manjših muzejskih zbirkah v Bogišićevi zapuščini so dela likovne umetnosti in obrti; orožje in orožje; etnografske in druge predmete. Zbirko Balda Bogišića v Cavtatu je v letih med 1909 in 1912 ustanovila njegova sestra Marija Bogišić-Pohl.