Lokrum je zeleni otok, poraščen z rodovitno zemljo in bujno floro. Vendar pa je tisto, kar se skriva pod to tanko plastjo, vidno le ob obali: cel otok je sestavljen iz debelih plasti sedimentne kamnine - apnenca in dolomit. V sedimentnih kamninah se skriva zanimiva geološka zgodba stara več milijonov let - nekoč so bili del platforme Jadransko-dinaridni karbonat. Ostanki ploščadi še vedno predstavljajo kraško območje na Hrvaškem, od Karlovca, Gorskega kotarja in Like do Istre, Hrvaškega primorja in Dalmacije, vendar je njegov največji del potonil pod Jadranskim morjem.